击败了清兵之后，休整了三日，任思齐下令兵发延平府，阿济格并没有死守延平，也没有试图重整军队和崇明军厮杀，而是带着败兵退往福州，然后往南向泉州逃去。
十二月八日，任思齐带兵占据了福州城，开始准备对泉州方向的清军展开最后的进攻。然而攻势还未发动时，投降清军的郑芝龙部发生了暴动，数万降兵在施琅等人的带领下向着泉州的清兵展开了进攻，此刻泉州城中，阿济格的败兵加上博洛的军队也就一万出头，数量远少于降兵，再加上刚刚经历了一场大败，士气极为低落，竟然顶不住向降兵的进攻。孔有德厮杀之时，被流矢射死。阿济格也身受重伤，一怒之下杀了郑芝龙，带着数千清兵撤出了泉州，往南安而去，欲和博洛会合，好退出福建。
任思齐带兵到达泉州时，泉州已经光复，掌控泉州城的是郑芝龙的兄弟郑鸿魁。任思齐以隆武帝的名义召郑鸿魁及郑家各将领入见，然后把他们统统软禁了起来，派出军队收编郑家的士兵，中间遇到了不少的抵抗，可是在崇明军强大的战力之下，抵抗被强行镇压了下去，数千人死在了崇明军的刀下，其他士兵都乖乖的接受了改编。
收编了郑家的军队后，任思齐手中掌控的军队将近十万人，他立刻调兵遣将，开始对残余的清兵围追堵截，终于在汀州把阿济格和博洛追上，在战斗中绿营将领金声桓临阵倒戈，从背后向八旗兵举起了刀枪，在明军和投降的绿营兵的围剿之下，剩余的数千八旗兵被消灭在汀州的山峦之间，阿济格奋勇冲突，斩杀数十个明军，最后被崇明军的火枪击毙。贝勒博洛被生擒。
自九月阿济格带兵五万入侵福建，历经了三个月的大战，以阿济格的被击毙，清军的全军覆没而结束。而整合了郑家的军队之后，福建也落入了崇明军的手中。
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