在孙传庭、高弘图、史可法等人的大力支持下，各项改革得以顺利进行。
内阁的权力再次被扩大，皇权被极大削弱，君主立宪制开始出现雏形。小皇帝朱慈炯差不多成了大明帝国的象征，朝事上他只有过问的权力，失去了大部分的决策权。
因为曹越和朱媺娖这些年的言传身教，朱慈炯知道这个趋势不可避免，也没办法抗争，只能接受。
孙传庭以年龄和身体原因请辞致仕，由高弘图接任。跟随曹越几年，高弘图的世界观认识已经有了彻底的改变，他充分认识曹越的胸襟和远见，在万分敬佩曹越的同时，也更加兢兢业业做事。如今的高弘图，已经差不多忘记了自己归附曹越是因为有把柄捏在对方手里，现在的他，是心甘情愿做这一切，为国谋利，为民做事，为了时代进步贡献自己的才智。
高弘图在国破时候，都在把赋税及支出的事打理的井井有条，再加在这几年习性的转变，名望的增高，又是曹越的“粉丝”及改革的铁杆支持者，被扶到内阁首辅之位是名正言顺的事。
马士英、钱谦益因为见识上并不出众，而且他年岁也大了，被免去了实职，只任地位很高，但没实权的虚职。史可法、顾炎武、左懋第被授以次辅之职，他们与高弘图一道，主理大明政事。
六部依然保留，归属于内阁之下，只不过各部之下加了很多司局，这是曹越根据后世时候情况，新设一些必须的部门。
兵部职权调整，完全类似后世时候的国防部，尚书由郑芝龙担任。
户部尚书由顾炎武兼任，年轻的张苍水以户部左侍郎身份主持户部事务，其职权得到扩大，后世时候的财政部、发改委、民政部、农业部、人民银行等部委的职权都归属户部，相应地在户部之下设立了这些司局，担任司局主管的都是曹越亲自挑选、富有远见，有超前改革意识的官员。
礼部集后世时候外交部、文化部、教育部等职权，由瞿式耜任尚书职。
工部的职权集中了后世时候的工信部、科技部、住建部、交通部等功能，也是六部里面机构最复杂的部委，所有官员加起来超过了其他六部，大明皇家科学院也是其下一个重要部委。在曹越心中，这位部委代表了大明科学技术的发展力水平，尚书之职也极其重要，最后这个要职落到了大明最有声望的科学家宋应星的头上。
而那些原本在科学院任职的能人，也相应地担任了一些重要部门的职务，一些西洋人也在工部中任职。曹越希望，在他的倾力支持下，大明的科技水平能尽快提高，正式进入工业时代。
公、检、法等职权自然归属于刑部，瞿式耜的弟子张同敞任此要职。
吏部的职能与原先并无多大差别，只不过尚书的地位有所下降，尚书之职由名臣何腾蛟担任。
军事方面，曹越成立了一个军事委员会，主管全国的军务。由他担任军事委员会主任之职，曹变蛟、黄得功、李定国任副职，下辖联合参谋部，分别由曹杰担任总参谋长，刘文秀、刘良佐、红娘子任副职；政工部，高杰任主任；后勤保障部由原本曹越的家将曹能担任；装备技术部由方以智负责；训练部和动员部的主官也是曹越亲自选定的，一个是家将曹前，一个是归降的原“大顺”将领李过。
另外还有大明皇家军事学院也归属军事委员会掌管，曹越亲自担任皇家军事学院院长之职，小皇帝朱慈炯担任名誉院长。军事委员会规定，高级将领必须到军事学院进修，学满后才能到军中领军，各中高级军官也必须到学院学习，完成所有课业，考核合格后，才能带兵和晋升。待以后，更多的军事学院建立起来后，低级军官也一定要有军事学院的学习经历，才能在军中任职。
在全国范围内，共组建十五个近卫军，四十五个近卫师，共九十万兵马。另水师的规模也扩大，三大舰队共有将士三十万人。海军总督由曹明担任，郑森也就是郑成功任副职。
除了这一百余万正规军外，还有数量不少的地方兵，类似后世时候武警和公安的编制，负责地方的治安。
十五个近卫军，待关外的战事停歇后，将分别驻防大明三京十二省。各近卫军军长，也是曹越亲自选定的。为了控制天下，曹越必须将军权掌握在手里。
至于以后怎么样分配军权，他暂时没考虑好。但有一点他不否认，那就是他以后，任何一个人都不可能像他一样掌握所有军权，必须受到制约，不然天下肯定要变色。
后世时候可以参考的政治军事制度很多，曹越相信到时候，他一定能制定出一套合适的制度出来。
在民生上，朝廷制定政策，大在减轻百姓负担的同时，大力鼓励各种产业、工商业的发展。民族资本主义的萌芽，是曹越最希望看到的。民族工业发展起来，才能带动整个社会生产力发展。
一系列改革的改革措施，都是在曹越的授意或者提醒之下，由内阁官员们讨论后通过再执行。
很快，大明的天下，就发生了天翻地覆的变化。
永安二年，皇家科学院研制出大明第一台蒸汽机，并在次年末成功地装备于战船上，从此大明水师舰队有了蒸汽机驱动的战舰。海军部也随之成立，属下的海军战船研制局开始设计铁甲舰。
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