731部队的试验者们，还通过解剖活人进行病理研究；在女“犯人”身上进行梅毒试验；用动物血和人血交换注射的试验；把人头朝下吊起来的倒控试验；对人进行低压或真空的试验；把人胃切除，肠子和食道直接缝合的试验；把人胳膊锯下，左右肢交换接肢试验等等。
据细菌战犯川岛清在远东军事法庭上供认：“为了研究各种治疗方法，对已传染的人加以治疗，给他们饭吃，等身体恢复时，又让他们做另一种试验。无论如何，从来没有一个人活着走出这个杀人工厂。
1943年末，731部队把在押的10名中国人用飞机押送到安达特别试验场。把人绑在间距5米远的桩子上，用飞机投掷“石井式”细菌*。这些人被弹片炸伤后染上炭疽菌，不久全部死亡。1945年1月，又改用电流引爆细菌弹的办法，对绑在间距10米到20米的桩子上的中国人进行鼠疫菌传染试验，这些人受了几天的折磨而最终死去。
据川岛清供认：“1940年到1945年8月，通过这个工厂，因感染致命菌而死亡的至少有3000人。至于1940年以前死亡的人有多少，那我就不知道了。”
1945年7月下旬，前苏联反德国法西斯的战争取得决定性的胜利，731部队为消灭罪证，机密资料一连烧了半个月。
当时，731部队监狱里还押着四五百名中国人。为了灭迹，8月9日开启毒气，在押人员均中毒身亡。有的囚室在押人员提前冲出牢门，被日本机枪全部打死。尸体被浇上汽油焚烧，随后尸骨埋在已挖好的8个大坑里。解放后，发现了3处埋尸骨的大坑。据伟建机器厂建筑工人证实，1949年和1958年在建楼挖地基时，曾发现有成堆的人骨头，仅在一处挖出的人骨头就装满了3辆大汽车。
1945年8月10日，731部队对细菌工厂的建筑物进行爆破性的破坏。8月14日把细菌工厂炸毁，同时把染有鼠疫菌的老鼠全部放出。到了1946年秋，在义发源、后二道沟、东井子等村屯，引发了鼠疫的传染。
731部队临灭亡前还丧心病狂的进行了最后一次垂死挣扎，它的恶毒实在是不能用语言来描述。
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