朱由崧就任监国之后，依照廷臣会推，任命原南京兵部尚书史可法为东阁大学士兼礼部尚书，入阁办事；马士英加东阁大学士、兵部尚书、右副都御史衔，仍任凤阳总督；又以原詹事府詹事姜曰广为礼部左侍郎，与原礼部尚书王铎，二人兼东阁大学士入阁办事，以张慎言为吏部尚书，召刘宗周为都察院左都御史，其他衙门官员也先后作了安排。
五月初九日，马士英从凤阳赶到南京，次日，朱由崧召见史可法、高弘图、姜曰广、马士英四人，让他们迅速议定用人、守江、设兵、理饷的事宜，十一日，史可法上本设立四镇外和督师的问题，史可法说：“有四镇，不可无督师应驻扬州，适中调遣。"
于是朱由菘决定封田承嗣为东平侯，出镇山东、北直隶地区；高杰为兴平伯，镇守徐州、泗州地区；刘良佐封广昌伯，镇守凤阳、寿州地区；靖南伯黄得功加封侯爵，镇守滁州、和州一带；史可法以督师镇守淮安、扬州地区；田承嗣对福王朱由菘封的东平侯嗤之以鼻，根本不理会朱由菘的旨意，五月十七日，黄得功又进封为靖南侯、守武昌的左良玉虽然没有参加拥立，但他兵多将广也被朱由菘进封为宁南侯。
五月，山东、北直隶等地的大顺地方政权被明朝官绅颠覆，清军占领了北京附近地区，由于强制推行剃头等政策，京师附近的居民惶惧不宁，许多地方揭竿而起反对，清军统治.三河县、昌平州、良乡、宛平、大兴、霸州、东安、武清、漷县、天津等地，都被官绅百姓攻占了。
五月二十五日，清廷派明降臣方大猷为监军副使招抚山东，六月初四日，又派明降臣王鳌永以户、工二部侍郎名义招抚山东、河南，六月初十日多尔衮派固山额真觉罗巴哈纳、石廷柱统兵收取山东，十四日，派固山额真叶臣领兵收取山西，.觉罗巴哈纳、石廷柱发出檄文说:“奉摄政王令旨各调兵马前往山东等处.所过地方官民出郭迎接违者以抗师治罪.”，又以平西王吴三桂名义大张文告，“摄政王简选虎贲数十万南下牌仰山东等处速速投降”。
六月二十一日，巴哈纳等带领的清军进抵德州，朱帅？不愿归附清朝，被镶红旗固山额真石廷柱所袭，由于“济王”部下都是些乌合之众，数万人马溃不成军，德州知州张有芳惟恐贻祸地方，游说朱帅？等归顺清军，朱帅？被迫解散部众，拜表归顺清军，畿南、山东大批州县就这样落到清军手里。
觉罗巴哈纳、石廷柱收复霸州、沧州、德州、临清之后，锦衣卫控制的曹州就暴露在清军面前，由于觉罗巴哈纳、石廷柱兵力有限，而主要目标还是大顺军，就没有再继续南下，七月初三日，下令将觉罗巴哈纳、石廷柱部调往山西，会同叶臣部合攻太原等地的大顺军。
觉罗巴哈纳、石廷柱两部清军调走后，王鳌永、方大猷临时拼凑了一些散兵游勇，不仅战斗力单薄，数额也只有几千人，而泰安王朱由？率领明德藩各郡王宗室具表归降，山东掌印都司苏邦政、济南府推官钟性朴等文武官员、乡绅也纷纷投顺，随后明朝署东昌道事工部主事于连跃以东昌府、临清州归附，青州府通判李懋学、推官彭钦以青州府城归附。
五月初十二日，潜伏在大同附近的大明副将云俊聪发动起义，约大同城军民内应，杀大顺军张天琳及中军张黑脸，云俊聪恢复大同地区后，打起反顺复明的旗帜，这时李自成正在太原休整，因为大顺军要急着撤回陕西去，并没有对大同镇发生变故采取任何措施。
降清的大明勋臣吴惟华，负责在山西替清朝招安地方，六月，吴惟华离京赴山西，代州、繁峙、崞县、五台的明朝文官武将先后招降了清朝，清军叶臣、石廷柱、巴哈纳、马国柱部，还攻克先后静乐、定襄等州县，从而使清朝控制区扩大到太原以北，吴惟华虽然知道大同城守将云俊聪是锦衣卫出身，还是抱着一线希望去招降云俊聪。
五月十八日，崇明岛有消息报来：五月十五日，水夫人产下一男婴，重达七斤二两，母子平安；田承嗣得到这个消息欣喜若狂，自己终于有儿子了，因为南京朝廷纷乱，自己不敢轻易离开，水笙生产时自己不在她身边，这让田承嗣很是内疚，只有等事态平稳一些了，再去看水笙母子俩。
下午的时候，田小四入内来报告：“少爷，有一个姓邢的明军年轻军官到了温府，说是要见温清。”
田小四说的温府，就是田府附近的一处小院，被田承嗣冠名为温府，就是专门应对邢姐姐（高杰的女人）的，已经快两年了也没有用上，田承嗣已经把这茬事忘了，现在田小四提起这事，邢姐姐爱穿男装，田承嗣意识到是邢姐姐到了。
田承嗣问道：“小四，带我去见他。”
田承嗣和田小四从地道去了另一处院子，然后出了院子朝不远处的温府走去，温府门前并没有人，田小四轻轻的推开了门，里面的一个老军迎着，田承嗣向老军说道：“祁伯，客人还在里面吗？”
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