将教育和科技的事情安顿下来之后，摆在项玉眼前的还有一个行政体系的问题，明朝时朱元璋废除了丞相制，中央采取内阁制、六科给事中以六部（吏、户、礼、兵、刑、工）分担行政权，到了永乐朱棣时期，
兵制：五军都督府
五军都督府为：中军、左军、右军、前军、后军五都督府。
地方上：西南地区采取“改土归流”的流官制。其他是行省制度。
布政使一省之民事财务总管。
按察使一省之司法掌握者。
都指挥使一省之兵权掌握者。
总督始于明代。
既然如此，那么项玉眼下在基隆的职位大约相当于一个地方的都指挥使，或者有点类似于总督，拥有一定的行政权。
明朝的制度并不是不能沿用，虽然有一定的局限性，后世西方资本主义的君主立宪制和三权分立制度都比较好，但是目前的中国仍然处于传统意义上的封建社会，资本主义还没有发展起来，制度必须与实际结合，不能因为西方的这些制度比较好就可也直接搬照来用，尽管这两种制度目前都还没有出现。
但是由于明朝此时实际上已经灭亡了，再打着明朝的旗号延续明朝的意义并不大，因为基隆城里面的百姓都是在台湾生活了比较长时间了，他们对于明朝的感情已经很淡了，况且清军入关已经将近二十年，南明朝廷也已经早就覆灭了，打着明朝的旗帜也不能够获得很大的支持，反而会碍手碍脚，束缚住项玉的行动。
所以项玉想要摆脱这一局面，就必须改变眼下身上背负的明军将领的称谓，这件事情也不能操之过急，以免引起一些士兵和民众的误解。
这些事情都要和陈永华进行商议，陈永华才智过人，也不是一个愚忠之人，这些事征求他的意见并不会让他觉得为难，实际上陈永华早先就劝过郑家父子，让他们另立旗帜，不要再受到南明朝廷的制约，不过后来随着隆武帝的投降，郑成功实际上已经没有掣肘之患了，而且考虑到要收揽人心所以就没有采取他的建议。
因此这个时候项玉向他征求看法的时候，陈永华自然没有表现出来特别反对，不过他考虑的要比项玉更加全面，他建议项玉先不妨从小事入手，加以改变，看看众将领和百姓们的反应，比如在基隆城里面不设置向明朝那样的州一级的官员了，而是按照项玉心中的想法另设职位。
这一点项玉也早有想法，他打算在基隆市施行市长制度，设立市长一职为一市最大的官员，下面分设几个副市长来分别负责不同的领域，不过眼下基隆城还不大，管理起来也不是那么复杂，所以副市长不需要那么多，免得引来了臃肿的官僚体系。
陈永华虽然不知道市长是什么样的官员，不过推测应该是和明朝的知府是一样的性质，至于下面的副市长什么的，应该是和通判同知是一样的性质。
至于军队方面，项玉的想法可就多了，明朝的时候设置卫所制度，将领的职位和编制到了后期变得十分混杂，后经戚继光的改革，出现了营制建制，项玉决定在此基础上加以完善，这个时候战场上还是流行大规模集团作战的，因此按照后世的班排连的建制来编制的话意义不大，所以主要建制还是以营为主，一营的士兵人数在五百至一千人左右，五个满编制的营划为一军，这样一军的人数在两千五百到五千人之间了，然后十个军编为一个集团军，三个集团军编为一个方面军，有点借鉴解放战争期间解放军的编制，其实后面的编制对于眼下的基隆军队来说意义不大，因为项玉手中目前包括海军在内，总人数刚刚达到一千六百人，陆军只有两个满编制的营，海军也才四百余人，陆军短时间内的发展不会太大，毕竟由于受到了人口总数的制约，可以充当兵员的青壮男子数量不足，所以为了发展经济，军队短时间内不会扩编。
但是海军因为要进一步的发展壮大，加上已经派遣部队前去招募沿海一带的渔民，所以今后将会适当扩军，在台北的北方不远处有一个长链条似的群岛，叫做琉球群岛，项玉下一步的计划就是要带着海陆军前去征服这几个岛国，不仅是扩充地盘而且是为了吸纳人口，这三个国家的人口总数在八万人左右，如果能够吸纳进来对于基隆的发展也是极大的促进。
这时候基隆里面的商行们已经再考虑出海做买卖了，由于银行的贷款，使得许多企业都扩大了生产，短时间内还看不出什么，但是长此以往，整个基隆的市场将会迅速出现饱和，因此许多精明的商人已经再向政府询问何时可以有条件和外国通商了。
其实在荷兰人殖民台湾期间，荷兰人和日本人之间的商业往来也是十分频繁的，连带着许多台湾的商人其实是跟日本做过生意的，只是目前苦于能够出海的船只比较稀少，所以这些商人的愿望恐怕还得在等待一些时间了。
造船厂里面这时已经增开了三个生产线了，工人们日夜奋战，加上技术的逐渐成熟和熟练，所以这个时候已经生产出来了两艘大船了，这两艘船项玉之前的打算是经过了海试之后就装备给海军的，因为海军的第一次行动十分成功，沿海一带有许多人忍受不了清朝的统制，正在向南洋一带远迁，基隆的军队一去就很容易拉到了一大批移民，受制于船体的容量，这一次一共运回基隆一千二百余人，还超载了两百余人，这大大超出了项玉的预估，也使得他对于移民的前景变得期待起来，而这时海军需要更多的船只投入到海上的运输当中去。
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