现在是战争年代，武爱华又是以军队起家，自然，部队建设才是武爱华的重中之重。
根据中央的指示，中国工农正规军闽粤赣独立支队于1935年8月正式更名为“中国工农正规军独立纵队”。
本来，中央的意思是将武爱华的闽粤赣独立支队更名为“正规军三方面军”，但是，武爱华不同意，要求保留“独立”二字，这样，自然不便叫“独立方面军”了，于是选择了一个双方都能接受的方案：独立纵队。
“纵队”编制，历史上源于解放战斗时期，这种编制有很大的灵活性，一旅一团，可称纵队；一军一师，亦可称纵队。解放战争时期的纵队，相当于军级编制，但比军略为弱一些。不过，武爱华这个“独立纵队”却远比一个军，一个集团军大得多，因为它横跨海、陆、空、警四大领域。
于是，在1935年12月的最后一个星期，武爱华也完成了他在“国战”爆发之前最后一次对部队的编制。
当然，这个编制，也是多方面协商的结果。
独立纵队的组建，首先是纵队首长的确立，在这一点上，中央充分尊重了武爱华同志的意见。
中国工农正规军独立纵队——
司令：武爱华；政委：项雨；
副司令：陈一；参谋长：粟余；
副政委：钟守富；副参谋长：夏中青。
中央决定：由上述6位同志再加政治部主任程亮同志共7位同志共同组成“独立纵队委员会”，重大事项需表决通过，在表决票数差别不大时，以武爱华同志的决定为最终决定。
上述几位新出现的“大佬”，是武爱华在粤东战役结束时展开的救援行动中接回来的，根据他们在后世的表现，武爱华认为，他们适合上述岗位。
独立纵队首脑机关设立五总部：即政治部，主任程亮，副主任黄玉清；参谋部，主任傅林，副主任曲中林；后勤部，主任金志远（原工兵团团长），副主任肖飞；装备部，主任陈新忠（归国工学博士，主修机械设计），副主任，林清华；情报部，主任张光陆（风，已经走上正轨，张光陆带领数十个电讯情报专业人士于10月回归），副主任胡文。
成立独立纵队海军司令部，组建独立纵队海军。司令，林国璋（英国皇家海军学院毕业，在民国海军当个舰长，后因为不适应官场黑暗，愤而辞职在家赋闲，被“风”发现，挖过来的人才）；政治委员，曾镜冰（南方正规军游击队负责人）副司令，汉密尔顿（郭世宝，S级舰艇管理员，机器人）参谋长，吴原。
海军司令部目前辖有1支舰队，武爱华将之命名为“中国工农正规军独立纵队南海舰队”，南海舰队拥有4艘“潮州级”驱逐舰，12艘“长汀级”鱼雷艇，12艘“长汀级”炮艇，2艘由民用船只改装的补给舰（主要是加装一定的武器装备，以便自我防护）。总兵力4200人，总吨位13200吨，虽然比民国的海军吨位小得多，但是其火力却不输给民国的海军。
独立纵队要办海军，最困难的不是钱，不是技术，而是人才。所以，为了筹办起这支海军舰队，武爱华可谓是大出血，用了大量的功勋值兑换S级舰长（4艘驱逐舰）、炮手、轮机兵等。然后，这些人身后都跟着3名至少拥有初中毕业文化水平的正规军战士。最后装备下来，这支“南海舰队”人员达到了2600人，如果包括海港服务人员、修理工等，总人数是3400人。
海军要形成战力，很难，没个三五年根本不敢拉出去打。但是，武爱华是拥有作弊器的人，只要普通正规军战士能够配合舰上的“洋鬼子”，其战力并不输给当前世界上的同等海军舰队。
成立独立纵队空军司令部，组建独立纵队空军。空军司令，克里斯托弗.乌尔夫（一战德国退役战斗机飞行员，慕尼黑飞行俱乐部首席飞行教官）；政治委员，吴先喜（南方正规军游击队负责人），副司令，丹尼尔.普（毕蓝天，S级飞行器综合管理员），参谋长，朱成科。
空军，是武爱华重点建设的军种，为神马？因为空军便宜啊！1架KJ1930型教练机，每架才20点功勋值，1架KZ1935型歼击机、轰炸机、舰载机，每架才30点功勋值。
因此，武爱华一口气成立了三个飞行团：即空军1团、空军2团和空军3团，以及1个飞行学校。
空军每个团，下辖2个歼击机大队2个轰炸机大队共192架歼击机和轰炸机（每个大队3个中队12个小队，每个歼击机小队4架KZ1935型歼击机或KH1935型轰炸机），1个直属侦察机中队16架侦察机（侦察机得由系统兑换出来自己改装）。
也就是说，武爱华的空军一成立，就拥有288架KZ1935型歼击机，288架KH1935型轰炸机，48架由KZ1935型歼击机改装的侦察机，作战飞机总数高达624架，总人数达5000人（约三分之一为机器人），这支空军一出世，就远超民国空军的实力。
此外，空军飞行学校还拥有3个中队36架KJ1930型教练机。
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