做为一个骄傲的荷兰军官，投降是他很难忍受的事情，但是现实却又不得不促使着他这么去做。
十二月，巴达维亚的起义者开始了大规模的反击，并迅速击溃了几股红夷军队，成功的占领了几处红夷防御的战略要地。
已经没有任何继续坚守下去的希望了。
奥皮耶第三次派出了自己的使者，他告诉叶大海，他愿意率领巴达维亚投降，但前提条件是必须保证巴达维亚一切荷兰人的生命和财产安全。
叶大海答应了他的这一请求。
崇祯十四年十二月二十八日，荷兰驻巴达维亚总督奥皮耶宣布投降，明军进入巴达维亚。巴达维亚这一城市纳入到了大明帝国的版图之中。
随后，丁云毅迅速抽调大量官员进入巴达维亚，并接管了这一城市。
崇祯十五年元月开始，明朝官员开始大规模驱逐当地的红夷，这一时期被称为“荷兰巴达维亚之难”。
驱逐行动一直进行到当年的六月才算结束。
丁云毅的目的非常简单明确，必须把巴达维亚牢牢的控制在自己的手里，用这里为自己创造着源源不断的财富。
相比于巴达维亚，麻六甲的攻击作战就没有那么顺利了。一直到崇祯十五年的二月，蔡九洲所指挥的明军才开始在麻六甲登陆。
尽管过程艰难一些，但毕竟胜利已经在望。
佛郎机人获得相对真实的中国的印象是从麻六甲开始，迈向中国的脚步也从麻六甲开始。
达伽马的船队抵达今印度半岛西南部喀拉拉邦的科泽科德一带的古里后，便大规模系统地搜集有关亚洲的地理和人文资料，主要目标是远东的中国。
１５１２年，征服麻六甲的佛郎机人收买了五5位中国船主，开始策划赴中国的计划。
葡萄牙人他们看中明帝国的财富，而且幻想中国如同麻六甲一样可以轻易落入佛郎机人之手，尽管等到他们来到中国沿海的几百年中，发现明帝国并不是葡萄牙可以一口吞下的，但占领麻六甲确实开启了葡萄牙海上帝国最“灿烂”的历史。
明朝廷得知麻六甲被侵占一事是在１５２０年，距麻六甲落入佛郎机人之手已过了九年。而在这九年中，佛郎机人的脚步早已穿过南中国海，进入中国广东沿岸。
如果不是佛郎机人的放肆，以及麻六甲王子宾塘王公的使者穆罕默德来到北京，向礼部送来麻六甲的求援信，麻六甲落入佛郎机人之手一事，明廷就会一直被蒙在鼓里。而明武宗早已失去了解决此事的能力，这位荒诞的君主，在卧病三月后晏驾。但在当时一批大臣的建议下，终于对麻六甲的沦陷做出回应：不许佛郎机入贡，同时葡萄牙出使中国的皮雷斯一行于同年春夏被押往广州，并作为归还麻六甲疆土之人质投入监牢。
面对麻六甲朝廷的屡次求援，明朝廷声明要求葡萄牙归还麻六甲，否则扣押使团直到归还麻六甲为止。这种以扣押使节的方式来应对武装占领的佛郎机人，无疑是一种无能，也是缺乏国际海洋观的表现。
不过毕竟明王朝在东南亚一带并没有军事存在，它与东南亚国家的朝贡关系只是彼此的一纸政治承诺书，苍白无力。当郑和这样的王师绝迹于东南亚之后，明王朝毫无力度的外交辞语与交涉，挽救不了麻六甲灭亡的命运。
但是现在虎贲卫的大军到了！
二月，随着虎贲卫大举登陆麻六甲，佛郎机人驻扎麻六甲的总督佛郎索科知道自己已经无法挽救麻六甲的命运了。
谈判进行了大约二十天，在自己的一些要求得到了满足之后，佛郎索科宣布麻六甲投降。
麻六甲于崇祯十五年纳入大明版图。
巴达维亚和麻六甲的胜利，是丁云毅整个计划很重要的一个组成部分，现在在丁云毅的周围，已经没有什么强有力的力量了。
大征服者——丁云毅！
他已经成功的以福建为中心，建立起了一个完全由自己掌握的势力范围，现在的他已经可以放心的把目光放到中原腹心了。
崇祯十六年的时候，满清的统治者皇太极死了，而大明王朝也到了决定其命运的时刻！
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